MAN 2 Hulu Sungai Utara (sebelumnya MAN 2 Amuntai) memiliki akar sejarah yang kuat di Kalimantan Selatan. Lembaga ini berawal dari Pendidikan Guru Agama (PGA) 6 Tahun Rasyidiyah Khalidiyah (Rakha) Amuntai yang didirikan pada tahun 1954 oleh tokoh nasional Dr. KH. Idham Chalid. Pada tahun 1968, lembaga ini resmi dinegerikan menjadi Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN) Amuntai. Seiring dengan kebijakan pemerintah, pada tahun 1990 statusnya beralih menjadi Madrasah Aliyah Negeri 2 Amuntai berdasarkan SK Menteri Agama No. 65 Tahun 1990. Transformasi terakhir terjadi pada tahun 2016 dengan perubahan nama menjadi MAN 2 Hulu Sungai Utara sesuai Keputusan Menteri Agama RI Nomor 671 Tahun 2016.