MAN 2 Amuntai adalah alih fungsi dari Pendidikan Guru Agama (PGAN) Amuntai berdasarkan SK Menteri Agama Nomor 65 tahun 1990. PGAN Amuntai berasal dari PGA 6 tahun Rasyidiyah Khalidiyah (Rakha) Amuntai yang telah dinegerikan pada tahun 1968. PGA 6 tahun Rakha diresmikan berdirinya pada tahun 1954 oleh KH. Ideham Khalid (Ketua Yayasan Pesantren Rasyidiyah Khalidiyah Amuntai).
Sejak berdirinya PGA 6 tahun Rakha Amuntai pada tahun 1954, sampai sekarang menjadi MAN 2 Amuntai Tahun 2008, telah mengalami beberapa pergantian Pimpinan/ kepala Madrasah, yaitu:
Sesuai dengan tugas Madrasah Aliyah Negeri sebagai Pembina Madrasah Aliyah Swasta pada Kelompok Kerja Madrasah (KKM), maka MAN 2 Amuntai oleh Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kalimantan Selatan dipercayakan / ditugaskan untuk membina 6 buah Madrasah Aliyah Swasta yaitu:
Selanjutnya MAN 2 Amuntai ditunjuk sebagai MAN penyelenggara program Keterampilan. Kegiatan Pendidikan Keterampilan pada MAN 2 Amuntai dimulai sejak tahun 1999 / 2000, dengan jurusan Keterampilan Perabot Rumah Tangga (Meubelair), Keterampilan Tata Busana dan Keterampilan Pertanian terpadu berbasis Ternak Unggas.
Kemudian seiring dengan perkembangan minat siswa serta potensi daerah Kabupaten Hulu Sungai Utara yang sebagian terdiri dari daerah rawa serta didukung oleh Bantuan BBE / Life Skill serta peningkatan partisipasi / swadaya masyarakat, maka sejak tahun 2002 keterampilan yang ada di MAN 2 Amuntai berkembang menjadi : Keterampilan Perabot Rumah Tangga (Meubelair), Keterampilan Tata Busana, Keterampilan Pertanian terpadu Peternakan dan Perikanan dan Keterampilan Komputer dan Keterampilan Internet.